Có rất nhiều tranh cãi về lãnh hải trên vùng Biển Đông và các nguồn tài nguyên của nó. Bởi Luật biển năm 1982 của Liên Hiệp Quốc cho phép các nước có vùng đặc quyền kinh tế (EEZ) mở rộng 200 hải lý (370,6 km) từ lãnh hải của họ, tất cả các nước quanh vùng biển có thể đưa ra tuyên bố chủ quyền với những phần rộng lớn của nó. Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa đã tuyên bố chủ quyền hầu như toàn bộ vùng biển. Những báo cáo gần đây cho thấy Trung Quốc đang phát triển một nhóm tàu sân bay để bảo vệ những đường vận chuyển nhiên liệu ở Biển Đông. Những vùng có nguy cơ tranh chấp gồm:

• Indonesia và Trung Quốc về vùng biển phía đông bắc quần đảo Natuna.
• Philippines và Trung Quốc về những khu khai thác khí gas Malampaya và Camago; về bãi cát ngầm Scarborough.
• Việt Nam và Trung Quốc về vùng biển phía tây Quần đảo Trường Sa. Một số hay toàn bộ quần đảo Trường Sa đang bị tranh chấp bởi Việt Nam, Trung Quốc, Đài Loan, Philippines và một số nước khác.
• Quần đảo Hoàng Sa đang bị tranh chấp bởi Việt Nam và Trung Quốc; Trung Quốc quản lý một phần quần đảo từ năm 1956 và toàn bộ quần đảo từ năm 1974 đến nay.
• Malaysia, Campuchia, Thái Lan và Việt Nam về những vùng ở Vịnh Thái Lan.
• Singapore và Malaysia dọc theo Eo biển Johor và Eo biển Singapore.

Cả Trung Quốc và Việt Nam đều theo đuổi các tuyên bố chủ quyền một cách mạnh mẽ. Các nước tranh chấp thường xuyên thông báo về các vụ va chạm giữa các tàu hải quân.

Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á (ASEAN) nói chung và Trung Quốc nói riêng luôn muốn đảm bảo rằng những tranh chấp bên trong Biển Đông sẽ không leo thang trở thành xung đột quân sự. Vì vậy, các cơ cấu phát triển chung (Joint Development Authorities) đã được lập ra tại các vùng tranh chấp chồng lấn để cùng phát triển vùng và phân chia quyền lợi công bằng tuy nhiên không giải quyết vấn đề chủ quyền của vùng đó. Điều này đã trở thành sự thực, đặc biệt là ở Vịnh Thái Lan. Tuy nhiên, gần đây Trung Quốc đã tuyên bố sẽ không ngại dùng vũ lực để chiếm đoạt quần đảo Trường Sa.

Trung Quốc tăng cường cải tạo các đảo và bãi đá tự nhiên, xây dựng các khu quân sự. Đặc biệt là việc xây dựng các đường băng, càng tăng cường thêm mưu đồ chiếm trọn Biển Đông, thực hiện yêu sách "đường 10 đoạn" (vốn không được quốc gia hay tổ chức nào công nhận). Những tuyên bố lãnh thổ chồng lấn ở Pulau Pedra Branca hay Pulau Batu Putih của cả Singapore và Malaysia đã được đưa ra Tòa án Công lý Quốc tế. Tòa án phán quyết theo chiều hướng có lợi cho Singapore.